1988年，日本东京发生大爆炸。毁灭了整个东京。造成严重伤亡。31年后公元2019年，东京在经过一场浩劫后，重建的“新东京”灯火辉煌，繁华之下却又充斥着无所不在的丑恶。经济萧条社会政治局势动汤不安，全市即陷入空前的革命暴动。小型帮派之间的殴斗，示威者与警察、军队间的冲突，新东京除了暴力，似乎只有颓废。而国家的命运，掌握在最高委员会的手中。

人们对谣传即将有世界末日的到来感到十分害怕，加上经济萧条社会政治局势动荡不安。而军方一直在秘密进行著一项名为“阿基拉”的研究。研究的内容就是日本科学家以40名人类作为活体实验，他们刺激人类脑袋，触发人脑的不同部份，引出人体深藏的潜力，成为超能者。对超常能力的人类进行培养，使其意志力变得极为强大，甚至可以对抗军队，摧毁整个城市。从而培养出新的一代人类，以领导人类走上光明之路。让日本再次成为世界强国。

一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体飞车党正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金田的职业高中学生。突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到。将那位矮个男子与铁雄一起收押。铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。铁雄因为这起意外事故，而开启了自身的超常神秘力量，慢慢的他发现自己的意志力强大的足以和军队抗衡，于是他开始疯狂的按照自己的意志来做自己想做的事情，他一心想找到所有秘密的关键所在——阿基拉。可他万万没有想到这种可怕的无法控制的力量最终也将他送上了毁灭之路。