本剧是学警系列的第三部曲，学警经训练及在机动部队工作後，将参与警队的实际工作。让观众一起经历警员们的成长过程，由受训到成为一名维持社会治安的警员，当中经历多少辛酸、挣扎及矛盾，为观众一一道来。

江世孝（苗侨伟 饰）从台湾服刑回港，除了想尽快找回爱女江悠悠（江伊晴 饰）修复父女情，便一心部署其复仇大计。他一方面假意向当年害他入狱的黑帮龙头大哥杜亦天（林利 饰）投诚，另一方面则诱导特别职务队警员钟立文（吴卓羲 饰）及冲锋队警员李柏翘（陈键锋 饰）合作破掉杜亦天的制毒工场。但李柏翘的态度十分强硬，坚持拒绝与贼为友，但钟立文却深信可借此改变江世孝转阵成为警方的线人，将杜亦天及其社团一并铲除。于是钟立文逐步与江世孝建立了一段相互利用的关系，可惜任务还未完成他已被警队革职，摇身变成江世孝的手下，从效忠警队转向加入黑帮……

杜亦天对江世孝常存戒心，故意安插亲信梁笑棠Laughing（谢天华 饰）以挟制其势力坐大，江世孝早有所料，伺机利用杜亦天的妻子程若芯（周海媚 饰）在社团的影响力，在杜亦天死后帮助自己登上龙头之位。当他以为自己已能掌控一切之时，贩毒生意越陷越深，江世孝却没有信任真正对自己好的人......

转眼一年，柏翘和立文两兄弟离开了机动部队，分派到不同的工作岗位去。柏翘加入了冲锋队，负责处理区内的紧急情况。柏翘为了完成亲父文升和前度女朋友霭琳的遗愿，努力争取表现，希望可以搏得推荐晋升督察。渐渐，表现受到了上司赏识，得到提拔坐车头，做In-charge PC。至于立文，则加入了特别职务队，负责打击区内的黄、赌、毒。由于工作需要，立文的形象有如有牌古惑仔，不但经常需要乔装，还要长时间工作，故女朋友念恩转职社工后，两人因为经常无法见面，以致感情转淡，念恩终于提出分手，并另嫁他人。

环头多生事端，有传是亦天在台湾的沙煲兄弟快要空降抢权，以致众揸fit人四出招摇办事以保地位。岂料，该沙煲兄弟世孝竟与李文升样貌极为相似，而且多番被嚣张揸fit人笑棠戏弄，亦天都置若罔闻。柏翘和立文对世孝的身份同感好奇。原来亦天不愿实现当年的承诺，让代自己坐牢十年的世孝分一半江山，出狱后的世孝便说要到香港找寻女儿悠悠，与亦天正式展开暗儿悠悠和疏导与悠悠的关系。因为若芯的努力，悠悠渐渐改变强硬的态度。期间，世孝得知若芯辛酸的过去，二人互相安慰，建立情谊。

柏翘发现世孝积极参与社团事务上位，觉得世孝简直丢了父亲的脸，对世孝态度强硬，处处针对。立文只见到世孝受害的一面，更因为知悠悠的身世而同情当年被亦天所屈，坐了十年牢狱，以致父女关系疏离的世孝，说服世孝成为自己的线人，联手捣破贩毒工场，将亦天绳之于法。世孝答应，并教立文熟知贩毒集团的架构及运作模式，要立文配合，捉拿负责运输的关键人物，以便自己后补替上，能够得知更多毒品资料。立文终与世孝合力捣破工场，亦天被捕，唯立文一直不知道世孝深谋远虑，原是一心利用立文来打击亦天，直至立文眼见世孝上位为社团的新扎大佬之时。亦天在由冲锋队戒往法庭途中，被神秘枪手拦途枪击。笑棠洞悉世孝的巧妙计画，耸恿若芯出掌社团话事人，铲除世孝，报杀夫之仇。若芯一呼百应，世孝见若芯威胁到自己的地位，便想办法平息事端。

立文在查案时踩界，险闯出大祸，柏翘逼于无奈下如实上报举证立文，立文怀疑妨碍司法公正，停职接受内部调查，两兄弟起嫌隙。此时毒品调查科警司卓仁秘密接触立文，解释警方已锁定世孝为头号打击目标，安排立文任卧底深入社团，掌握证据以捣破贩毒组织。自此，两棠身边，以助铲除笑棠。若芯知道世孝是为了拒绝自己的爱，报复心态，果然跟了一直暗恋自己的笑棠。世孝考虑到立文有朝一日会是自己的女婿，欲对他委以重任，为考验立文的忠诚，要他杀笑棠。

世孝自以为是神，可以控制一切，贩毒集团仍然连番失利，于是世孝的防御机制便起，开始怀疑身边每一个人，包括立文及若芯。若芯由柏翘提供的情报发现珠丝马迹，揭发甜品店地窖竟是装置齐备的地下制毒工场，这时若芯才知道自己爱上的世孝，竟有可怕的野心。世孝识破立文的卧底身份，但基于悠悠的关系，世孝不杀立文，对立文晓以大义，指黑社会不可能被消灭，必须有人维持黑社会秩序，而自己就是最佳人选，人命伤亡也会减到最低，令立文动摇。立文假意向世孝投诚，多番出卖柏翘，以取得警方情报，助世孝做成多宗大买卖，一步步完全取信于世孝。柏翘不理众人劝告，孤注一掷，始终相信立文并无变黑。唯悠悠却成为事件中的重大变量