西历2220年。人类面对前所未有的危机。新发现的小瀑布黑洞距离太阳系越来越近，至地球完全被吞噬还有3个月。人类不得已开始实施行星移民计划，意想不到的是乘坐着6亿人的第1，第2移民船队再向阿马尔星球前进的路上先后被不明舰队袭击，并且相继音讯全无。第一移民这其中包括作为船队负责人的古代雪。古代进的货运飞船小雪号意外的搭救了第一移民船队旗舰的战术长上条了，并顺带击毁了三艘外星飞船。

危机之时，宇宙科学局总部长真田任命古代雪的丈夫古代进为第3移民船的总司令，同时任命他为重新制造的宇宙战舰大和号的舰长，同时大和号上补充了大村副长、上条了战术长、小林淳航海长、折原真枫船务长等一大批年轻有为的新人。古代进深信妻子还活着，为了救出被困的人类，古代登上了大和号。大和号在第1、2移民船队遭伏击的地区再次遭伏击，但大和号率部英勇作战，这种精神使的敌方指挥官埃托斯星球的高尔伊提督为之钦佩，主动放弃了进攻，并捏在通话中，古代进得知是一个受SUS星球控制太空联盟伏击了他们。到达阿马尔星球后，星球女王将联盟的情况告诉了古代进，原来这一星系混战不堪，SUS击败了所有人并建立了联盟，联盟名义上是平等的，实际上受SUS控制，是SUS想阻止地球移民计划，阿马尔星球也是联盟一员。

阿马尔的帕斯卡尔将军要求古代进立即撤走，以免给阿马尔带来灾难，但是联盟飞船已经开始轰炸阿马尔了。阿马尔挡不住联盟的进攻，损失惨重，而此时赶到的高尔伊提督却进攻阿马尔，并率部进攻SUS舰队，在战斗中高尔伊提督阵亡。古代进决定出手，大和号率舰队与联盟舰队激战，阿马尔舰队加入了大和号编队，在SUS用超高音速中子粒子束轰击大和号时，帕斯卡尔将军以牺牲自己保护了大和号，而大村副长也用自己的牺牲换来了敌人要塞保护罩的毁灭，大和号借此机会用六联装波动炮击毁了要塞。但是要塞的核心是一艘宇宙潜艇，他仍然对大和号进行打击，古代进急中生智，下令用波动炮击毁了SUS的太阳——一个人造能量源，SUS彻底毁灭了。但SUS指挥官却幻化出了原形——异次元的高级生命体。在地球上，大和号在完成任务后，准备撤离，但是这是异次元生命体又出现了，并告诉古代黑洞是个人造物体，故意用来吞噬地球，大和号在最后一刻用六发波动弹合一发射，击毁了这个黑洞，再次保护了地球，但大和号也受到了巨大的破坏。故事到此就结束了。